Lorsque le génocide tutsi commence, en avril 1994, Aloys N. se trouve à la tête du renseignement militaire, le « G2 ». L’ancien colonel de gendarmerie a fait l’objet de mandats d’arrêts de la part du TPIR car il aurait, selon une ordonnance d’août 1997, « lui-même donné des ordres aux militaires des Forces de l’armée rwandaise d’exterminer tous les Tutsi et les Hutu complices. »
Réfugié au Zaïre (aujourd’hui République démocratique du Congo) après le génocide, Aloys N. participe ensuite à la création des Forces démocratiques de libération du Rwanda (FDLR), dont il devient général major lors de la seconde guerre du Congo, en 1998.
Ce groupe armé, connu pour ses multiples exactions dans l’est du pays, est toujours en activité et a été désigné en 2012 « pour sanctions » par l’ONU.
Amnesty International France rappelle que toute personne est présumée innocente jusqu’à ce que sa culpabilité ait été légalement établie.